در آذرماه سال 1324، فرقة دموکرات تبریز، بر دولت غلبه کرد و آذربایجان را مستقل اعلام کرد؛ آنها با کمک روس‌ها و سایر امکانات، آذربایجان را عملاً از ایران جدا کردند و حکومت را خود به‌دست گرفتند. برنامه‌های آنها در مورد نظام ارباب رعیتی و با کشتن برخی اربابان املاک، موجب نا امنی و هرج و مرج بسیاری شد، به‌گونه‌ای که در زمستان آن سال علامة طباطبایی تصمیم گرفت، تبریز را ترک و به‌قم مهاجرت کنند.
اوضاع به‌شدت تغییر کرده بود، به‌کسی اجازه نمی‌دادند که از تبریز خارج شود و ما با زحمت بسیار، جوازِ عبور گرفتیم و با دستِ خالی از تبریز به‌طرف تهران حرکت کردیم.
شبِ آخر اسفند به‌تهران رسیدیم و نوروز را در تهران در منزل آقای سید علی اصغر صادقی که از علمای تهران بود، منزل کردیم. پس از نوروز به‌قم آمدیم. آن زمان آقا سید محمد علی قاضی (اولین شهید محراب)، در قم محصِّل بود، ما هم در منزل ایشان وارد شدیم و دو، سه روز هم ماندیم تا این‌که در کوچة یخچال قاضی از یک خانه‌ای، دو اتاق کرایه کردند و ما به‌آنجا رفتیم.
علامه در قم آشنای کمی داشت. تنها آقای حجت و اطرافیان او و آقای سید حسین قاضی که از خویشان ایشان بود و نیز سید محمد علی قاضی (اولین شهید محراب)، ایشان را می‌شناختند. بعضی طلاب تبریز که در قم ساکن بودند، متوجه شدند که چنین شخصی به‌قم آمده و به‌همین دلیل از ایشان تقاضای تدریس کردند.
ایشان نخست مباحث خارج فقه و اصول را آغاز کردند، اما آن‌گونه که خودشان نقل می‌کردند، خیلی زود متوجه شدند که در قم برای فقه و اصول، زمینة زیادی وجود دارد؛ اما مباحث قرآنی، ریشه‌ای و عقلی مانند فلسفه، بسیار کم است از این رو برنامة تدریس و کار خود را عوض می‌کنند و به‌تدریس تفسیر و فلسفه می‌پردازند. به‌این ترتیب، طلّاب بسیاری در حلقة درسی ایشان حاضر می‌شوند که برکات آن هنوز هم آشکار است. پایگاه اطلاع‌رسانی حوزه، مجلة پگاه حوزه، 20 آبان 1385، شماره 195، روایتی از زندگی علامة طباطبایی رضوان الله تعالی علیه در گفت‌وگو با مهندس سید عبدالباقی طباطبایی (فرزند ایشان)، با اندکی تلخیص و ویراستاری.
- ۰۱/۰۹/۲۲