پس از رسیدن نامة سعید العلما، شیخ انصاری به‌حرمِ مطهر حضرتِ امیرالمؤمنین علیّ علیه‌السلام مشرّف شد و از آن حضرت خواست تا او را در این امرِ بزرگ یاری کند و از لغزش و خطا نگاه دارد. یکی از خادمانِ حرمِ مطهّرِ امیرمؤمنان علیّ علیه‌السلام می‌گوید: مثل همیشه، ساعتی پیش از طلوعِ فجر، برای روشن کردن چراغ‌های حرمِ مطهّر به‌آن‌جا رفتم ... ناگهان از طرفِ پایینِ پای حضرتِ امیر علیه‌السلام، صدای گریه‌ای بلند و جان‌کاه و ناله‌ای سوزناک به‌گوشم رسید. بسیار شگفت‌زده شدم که این صدای کیست؟ آهسته پیش آمدم تا از جریان آگاه شوم. ناگهان دیدم شیخِ انصاری رحمه الله صورتش را بر ضریحِ مقدّس گذاشته است و می‌گرید و به‌زبانِ دزفولی، با سوز و گداز به‌امام علیه‌السلام می‌گوید: آقای من، مولای من، یا اباالحسن، یا امیرالمؤمنین! این مسئولیتی که اکنون بر دوشم آمده است، بس مُهمّ و خطیر است. مرا از لغزش و اشتباه و عمل نکردن به‌وظیفه نگاه دار، و در توفان‌های حوادثِ روزگار، همواره راهنمایم باش، و گرنه از زیرِ بارِ مسئولیت فرار خواهم کرد و آن را نخواهم پذیرفت. دریای فقاهت، سیّدعبدالرّضا موسوی، ص58، به‌نقل از سیمای فرزانگان، ص 137. شیخ، از سال 1266 تا 1281 ه. ق. به‌مدت پانزده سال، ریاستِ علمیِ شیعیان را در دست داشت. همة شیعیان جهان، از وی تقلید می‌کردند و او موردِ احترامِ پادشاهان و مرداِن بزرگِ آن زمان بود. پس از درگذشتِ آیت‌اللّه شیخ محمدحسن نجفی اصفهانی (صاحب جواهر)، چهارصد تن مجتهدِ مسلّم، اعلم بودن شیخ مرتضی انصاری رحمه الله را تصدیق کردند. دریای فقاهت، سیّدعبدالرّضا موسوی، ص59، به‌نقل از زندگانی و شخصیّتِ شیخِ انصاری، ص 97.