گویند در زمانی شیخ جعفرِ کاشف‌الغطاء وارد اصفهان شد. یکی از شاگردانِ فاضلِ آخوند، ملا علی نوری، مسأله‌ای مشکل و دشوار، در فنِّ حکمت و فلسفه را که قبلاً از آخوند استفاده کرده بود، از شیخ پرسید. شیخ فرمود: فردا، جوابش را خواهم گفت. آخوند ملا علی که از ماجرا اطلاع پیدا کرد، خشمگین و برافروخته شد و به‌شاگردِ فاضل خود، گفت: شیخ، فقیه است؛ شما چرا او را اذیّت می‌کنید؟ اصلاً دنبالِ جواب نباشید. فردای آن روز، شیخ، بین الصلاتین صدا زد: شخصی که فلان سؤال را مطرح کرده بود، بیاید تا جوابش را بگیرد. سؤال‌کننده آمد و جواب را گرفت و آن را به نظرِ آخوند ملاعلی رساند. آخوند، تعجّب کرد؛ زیرا شیخ، جوابِ سؤال را کاملاً درست و موشکافانه نوشته بود. آخوند، بعد از اینکه شیخ را ملاقات کرد، از او پرسید: شما در علومِ عقلی، کاری نکرده‌اید، مع ذلک چگونه به‌این سؤال سخت پاسخ دادید؟ شیخ فرمود: این‌ها از اخبارِ واضحِ ائمة اطهار است. قصص‌العلماء، محمّد بن سلیمان تنکابنی، ص241.