مرحوم آیتالله محسنی ملایری از بندگان خوب خدا بود. ایشان مردی پاکسیرت و از شاگردانِ عارفِ کامل، حضرت آیتالله میرزا جواد ملکی تبریزی بودند. استخارههای ایشان بسیار عجیب بود. آیتالله سیّد عبّاسِ حسینِی کاشانی در بارة یکی از استخارههای شگفتِ ایشان، چنین نقل میکند: روزی ایشان بهمنزل ما تشریف آوردند. «حاج افشار» نیز بهمنزل ما آمده بودند و استخاره میخواستند. آیتالله محسنی برای او استخاره کرد، من نیز نزدیک آیتالله محسنی نشسته بودم، یک آیه آمد، ایشان بهحاج افشار فرمودند: گویا میخواهید دختری را برای پسرتان عقد کنید؟ گفت: بله، همینطور است! بعد فرمودند: مثل اینکه مقداری از کارها و حرفهایش هم زده شده است؟ گفت: بله. ایشان تأملی کردند و فرمودند: بههرحال دختر خوبی است و اگر تا فردا ظهر این کار را انجام ندهید، رقیبی دارید که از شما پیشی میگیرد و شما ضرر میکنید. حاج افشار نیز این مطلب را کاملاً تأیید کرد و گفت: اتّفاقاً رقیب را هم میشناسیم و درست همانطور است که میفرمایید. آیتالله سیّد عبّاسِ حسینیِ کاشانی چنین ادامه میدهد: بههر حال این کار (مراسم عقد و عروسیِ پسرِ حاج افشار) انجام شد. هفت- هشت ماه از این حکایت گذشت. یک روز من آیتالله محسنی ملایری و اخوان مرعشی را به منزل دعوت کرده بودم. هنگام ظهر بود، وقتی غذا خوردیم، میهمانان خوابیدند، وقتی آقای محسنی ملایری بیدار شدند، شخصی در زد و گفت: استخارهای میخواهم. من بهآقای محسنی ملایری گفتم: شما استخاره کنید. ایشان نیز استخاره کردند و من توجّه کردم، دیدم همان آیهای که برای استخارة حاج افشار آمده بود برای این شخص نیز آمد. ایشان رو کردند بهآن شخص و فرمودند: اگر این کار را انجام دهید، در چاهی خواهید افتاد که خلاص شدن از آن، امکان ندارد، و ممکن است بهمرگ شما بینجامد. آن شخص، بسیار تعجّب کرد، سپس تشکّر کرد و رفت. بعدها ما فهمیدیم که آن شخص، طلافروش بوده و میخواسته چند کیلو طلا را بهطور قاچاق از کشور خارج کند. من از این استخاره تعجّب کردم و بهایشان عرض کردم: آقا! من میخواهم سؤالی از شما بپرسم. فرمودند: خودم میدانم چه میخواهی بپرسی. گفتم: آقا! من نفهمیدم حکایت این دو استخاره چه بود. ایشان فرمودند: من یک مطلبی را میخواهم بهشما بگویم، اگر قول دهید تا من زنده هستم آن را بههیچکس نگویید، برایتان میگویم. گفتم: قول میدهم. فرمودند: واقعیّتش این است که من وقتی قرآن را باز میکنم از قرآن چیزی نمیفهمم؛ امّا کسی در گوشم میگوید که اینطور بگو، یک صدایی در گوشم هست که بهمن میگوید چه چیزی بگویم و من هم همان چیز را بهشخصی که استخاره خواسته، میگویم! هزار و یک حکایت اخلاقی، محمدی، محمّدحسین، ج1، حکایت7، ص35، بهنقل از ناگفتههای عارفان، صص196-194. حضرت آیتالله حسین کریمی قمی، در کتاب «آئینة اَسرار» خاطرهای را چنین نقل کردهاند: یکی از علمایی که محضر او را درک کردم، مرحوم آیتالله حاج شیخ محمد باقر محسنی ملایری بود که چند سال قبل، در قم وفات یافت. او از اصحاب مرحوم حاج شیخ حسنعلی اصفهانی (نخودکی) بود و از ایشان قضایای متعدّدی در خاطر داشت. آن مرحوم (محسنی ملایری) در استخاره با قرآن در عصرِ خود بینظیر بود و مردم حتّی از آمریکا و اروپا بهوسیلة تلفن یا نامه از ایشان استخاره میخواستند. این امتیاز برای ایشان در اثرِ ادبی بود که دربارة مرقد مطهّرِ حضرت رضا علیهالسلام اِعمال کرده بود. جریان را در شبی از شبهای ماهِ مبارکِ رمضان که بهدیدار ایشان رفته بودم، چنین شرح داد: حدودِ دو سال، در مدرسة بالا سرِ مشهد مقدّس، که فعلاً تخریب و جزء یکی از رواقهای حرم رضوی است، حجرهای داشتم مُشرِف بهبالا سرِ قبرِ مطهّر، و معروف بود که حاج ملا هادیِ سبزواری سالها در آن سکونت داشته است. در مدّتی که اقامت داشتم، بهاحترامِ قبرِ مطهّر، پایم را دراز نمیکردم، خوابم بهصورت نشسته بود. بعد از دو سال که طبق معمول سحرها بهحرم میرفتم، از طرفِ پشتِ سرِ قبرِ مطهّر واردِ حرم شدم، مکاشفهای رخ داد. مشاهده کردم که وجودِ مقدّسِ امام علیهالسلام، بهاستقبالم آمدند. آن حضرت یک بشقاب خوراکی شبیهِ نُقلهای برنجیشکل، در دست داشتند، بهمن تعارف کردند، مقداری برداشتم و خوردم. از آن تاریخ، علمِ استخاره، بهمن داده شد. ایشان فرمود: این قسمت مکاشفه را برای کسی جز شما (آیتالله کریمی قمی) نگفتهام. آئینة اسرار، صص102-101.