مرحوم حاج میرزا علی آقا اعلی اللّه مقامه، ارتباط قوی و بسیار شدیدی با پیغمبر اکرم و خاندان پاکش صلوات اللّه و سلامه علیهم داشت. این مرد در عین این‌که فقیه (در حدّ اجتهاد) و حکیم و عارف و طبیب و ادیب بود و در بعضی از قسمت‌ها، مثلاً طبّ قدیم و ادبیّات، از طرز اول بود و «قانون» بوعلی را تدریس می‌کرد، از خدمتگزاران آستان مقدّس حضرت سیدالشهداء علیهالسلام بود؛ منبر می‌رفت و موعظه می‌کرد و ذکر مصیبت می‌فرمود؛ کمتر کسی بود که در پای منبر این مردِ عالمِ مخلصِ متّقی بنشیند و منقلب نشود؛ خودش هنگام وعظ و ارشاد که از خدا و آخرت یاد می‌کرد، در حال یک انقلاب روحی و معنوی بود و محبّت خدا و پیامبرش و خاندان پیامبر در حدّ اشباع او را به‌سوی خود می کشید؛ با ذکر خدا دگرگون می‌شد؛ مصداق قول خدا بود:
اَلَّذِینَ إِذا ذُکِرَ اَللّهُ وَجِلَتْ قُلُوبُهُمْ وَ إِذا تُلِیَتْ عَلَیْهِمْ آیاتُهُ زادَتْهُمْ إِیماناً وَ عَلی رَبِّهِمْ یَتَوَکَّلُونَ. سورة أنفال (8) آیة2.
مؤمنان فقط آن کسانی هستند که چون یاد خدا شود دل‌هایشان ترسان شود و چون آیات او بر آنها تلاوت شود ایمانشان را بیفزاید و بر خدای خویش توکّل کنند.
نام رسول اکرم صلّی اللّه علیه و آله یا امیرالمؤمنین علیهالسلام را که می‌برد اشکش جاری می‌شد. یک سال حضرت آیت‌اللّه بروجردی أعلی اللّه مقامه از ایشان برای منبر در منزل خودشان در دهة عاشورا دعوت کردند؛ منبر خاصی داشت؛ غالباً از نهج‌البلاغه تجاوز نمی‌کرد. ایشان در منزل آیت‌اللّه منبر می‌رفت و مجلسی را که افراد آن اکثر از اهل علم و طلاّب بودند سخت منقلب می‌کرد، به‌طوری که از آغاز تا پایان منبر ایشان، جز ریزش اشک‌ها و حرکت شانه‌ها چیزی مشهود نبود. مجموعة آثار استاد شهید مطهری، ج1، ص237.
شهید آیت‌الله مرتضی مطهری رضوان الله علیه می‌گوید: از استاد خودم عالم جلیل القدر، مرحوم آقای حاج میرزا علی آقا شیرازی أعلی اللهُ مقامَه که از بزرگترین مردانی بود که من در عمر خود دیده‌ام و به‌راستی نمونه‌ای از زهّاد و عبّاد و اهل یقین و یادگاری از سلف صالح بود که در تاریخ خوانده‌ایم؛ جریان خوابی را به‌خاطر دارم که نقل آن بی‌فایده نیست.
در تابستان سال 1320 و سال 1321، من از قم به‌اصفهان رفتم و برای اولین باز در اصفهان با آن مرد بزرگوار آشنا شدم و از محضرش استفاده کردم. البتّه این آشنایی، بعد تبدیل به‌ارادت شدید از طرف من و محبت و لطف استادانه و پدرانه از طرف آن مرد بزرگ شد به‌طوری که بعدها ایشان به‌قم آمدند و در حجرة ما بودند و آقایان علمای بزرگ که همه به‌ایشان ارادت می‌ورزیدند در آنجا از ایشان دیدن می‌کردند.
در سال 1320 که برای اولین بار به‌اصفهان رفتم، هم مباحثة گرامیم که اهل اصفهان بود و یازده سال تمام با هم هم مباحثه بودیم و اکنون از مدرّسین و مجتهدین بزرگ حوزة علمیة قم است به‌من پیشنهاد کرد که در مدرسة صدر، عالم بزرگی است که نهج‌البلاغه تدریس می‌کند، بیا برویم به‌درس او. این پیشنهاد برای من سنگین بود؛ طلبه‌ای که «کفایة الاصول» می‌خواند، چه حاجت دارد که به‌پای تدریس نهج‌البلاغه برود؟! نهج‌البلاغه را خودش مطالعه می‌کند و با نیروی اصل برائت و استصحاب مشکلاتش را حل می‌نماید!
چون ایام تعطیل بود و کاری نداشتم و به‌علاوه پیشنهاد از طرف هم‌مباحثه‌ام بود پذیرفتم؛ رفتم اما زود به‌اشتباه بزرگ خودم پی بردم، دانستم که نهج‌البلاغه را من نمی‌شناختم و نه تنها نیازمندم به‌فراگرفتن از استاد، بلکه باید اعتراف کنم که نهج البلاغه، استاد درست و حسابی ندارد. به‌علاوه دیدم با مردی از اهل تقوا و معنویت روبرو هستم که به‌قول ما طلاب «مِمّن ینبغی أن یُشَدَّ إلیه الرّحالُ»: «از کسانی است که شایسته است از راه‌های دور بار سفر ببندیم و فیض محضرش را دریابیم».
او خودش یک نهج‌البلاغه «مجسَّم» بود، مواعظ نهج‌البلاغه در اعماق جانش فرو رفته بود. برای من محسوس بود که روح این مرد با روح امیرالمؤمنین علیهالسلام پیوند خورده و متّصل شده است. راستی من هر وقت حساب می‌کنم، بزرگترین ذخیرة روحی خودم را درک صحبت این مرد بزرگ می‌دانم؛ رضوان الله تعالی علیه و حشره مع أولیائه الطاهرین والائمة الطیبین.
من از این مردِ بزرگ، داستان‌ها دارم. از جمله به‌مناسبت بحث، رؤیائی (و خوابی) است که نقل می‌کنم:
ایشان یک روز ضمن درس در حالی که دانه‌های اشکشان بر روی محاسن سفیدشان می‌چکید این خواب را نقل کردند، فرمودند:
«درخواب دیدم مرگم فرا رسیده است؛ مردن را همان‌طوری که برای ما توصیف شده است، درخواب یافتم؛ خویشتن را جدا از بدنم می‌دیدم، و ملاحظه می‌کردم که بدن مرا به‌قبرستان برای دفن حمل می‌کنند. مرا به‌گورستان بردند و دفن کردند و رفتند. من تنها ماندم و نگران که چه بر سر من خواهد آمد؟! ناگاه سگی سفید را دیدم که وارد قبر شد. در همان حال حس کردم که این سگ، تندخویی من است که تجسّم یافته و به‌سراغ من آمده است. مضطرب شدم. در اضطراب بودم که حضرت سیدالشهداء علیهالسلام تشریف آوردند و به‌من فرمودند: غُصِّه نخور، من آن را از تو جدا می‌کنم. مجموعة آثار استاد شهید مطهری، ج1، ص235.